Luego de completar la documentación y los exámenes médicos respectivos de incorporación con éxito, el volante bogotano regresó al Embajador tras su paso por el fútbol brasileño.
Ruiz llegó a Millonarios a finales de 2020 procedente de Fortaleza, inicialmente en préstamo pero con opción de compra. Debutó el el 16 de enero de 2021 ante Envigado. Poco a poco fue ganando minutos hasta consolidarse como titular indiscutible del profesor Alberto Gamero. En Millonarios disputó dos temporadas donde acumuló más de 100 partidos vistiendo la camiseta y anotó 13 goles. Con su talento, consiguió disputar dos finales: la primera en 2021-1 contra el Deportes Tolima donde anotó su primer gol con Millonarios y en la primera división del fútbol colombiano a pesar de haber caído pero un año después la revancha le llegaría con la final de Copa Colombia 2022 contra el Junior de Barranquilla.
¡Bienvenido a casa, Dani Ruiz!