Millonarios adquirió los derechos deportivos de Juan Pablo Vargas. El defensa central firmó contrato con el club por tres años más, hasta diciembre de 2023.
El futbolista costarricense llegó a nuestro equipo el 3 de enero de 2020, como uno de los refuerzos del profesor Alberto Gamero para la temporada 2020. Vargas llegó a Millonarios luego de su paso por Deportes Tolima. En 2020, disputó un total de 2.209 minutos con la camiseta azul, de ellos 1.849 fueron por Liga y 360 por Copa Sudamericana. En este año que estuvo con el Embajador, jugó 25 partidos oficiales, 21 por Liga y “Liguilla” y los 4 restantes por torneo internacional. De los 25 partidos en los que participó, ganó 10 compromisos, empató otros 10 y perdió en los 5 restantes. Además, el 10 de diciembre de 2020, el defensor anotó un tanto con Millonarios frente a Boyacá Chicó.
