El portero manizaleño es el segundo refuerzo de Millonarios para la temporada 2020-2021. Llega a nuestro equipo con un contrato de préstamo por un año. Bonilla viene procedente de La Equidad, equipo en el que disputó 6.030 minutos en tres periodos diferentes.
En su trayectoria cuenta con experiencia nacional e internacional. En Colombia, formó parte de equipos como Boyacá Chicó (2010-2012) y Atlético Nacional (2012-2014 y 2016-2017) con los que sumó 8.980 minutos a su carrera deportiva. Para la temporada 2018-2019 disputó 1350 minutos en 15 compromisos con Al Feiha de Arabia Saudita.
Cristian Bonilla cuenta con 11 títulos en su palmarés de los cuales 9 son torneos nacionales (4 Ligas, 3 Copas y 2 Superligas) y 2 son de torneos internacionales (una Copa Libertadores y una Recopa Sudamericana)
Además, fue convocado a la Selección Colombia en múltiples oportunidades siendo parte de la Sub-17 y Sub-20. Tuvo participación en diversos torneos como Sudamericano Sub-17 en Chile 2009, Sudamericano Sub-20 en Perú 2011, Sudamericano Sub-20 en Argentina 2013, Copa Mundial Sub-17 en Nigeria 2009, Copa Mundial Sub-20 en Colombia 2011, Copa Mundial Sub-20 en Turquía 2013 y en Juegos Olímpicos Río 2016.