El más reciente título internacional oficial es el de la Copa Merconorte 2001. Millonarios participó en las cuatro ediciones del torneo fue uno de los equipos con mejores resultados. Se quedó en definitiva con la Copa Merconorte al finalizar como líder de la tabla histórica de esta competencia, con 54 puntos. Fue campeón de la Merconorte en 2001 al vencer al Emelec de Ecuador en la definición 3-1 por penaltis, gracias al arquero venezolano Rafael Dudamel, quien atajó dos cobros.