Juan Moreno nació en Apartadó, Antioquia el 9 de julio de 1999. A los 12 años decidió trasladarse a la capital de Colombia para integrarse a las categorías inferiores de Millonarios FC. Disputó la última categoría de fútbol base en la Sub20 dirigida por Nelson Flórez.

Miguel Ángel Russo le dio el visto bueno tras la salida del tercer arquero Bryan Silva. El 4 de noviembre de 2017 fue convocado por primera vez al equipo profesional tras la suspensión de Nicolás Vikonis.