Juan Moreno nació en Apartadó, Antioquia el 9 de julio de 1999. A los 12 años decidió trasladarse a la capital de Colombia para integrarse a las categorías inferiores de Millonarios FC. Disputó la última categoría de fútbol base en la Sub20 dirigida por Nelson Flórez y con la que quedó campeón del torneo nacional juvenil en 2019.

Miguel Ángel Russo le dio el visto bueno tras la salida del tercer arquero Bryan Silva. El 4 de noviembre de 2017 fue convocado por primera vez al equipo profesional tras la suspensión de Nicolás Vikonis.

Tiene dos títulos con nuestro equipo: La Liga 2017-I contra el rival de patio, Independiente Santa Fe, y la Superliga 2018 contra Atlético Nacional.